শনিবার বিকেলে নৌ সদর দপ্তরে দায়িত্বভার গ্রহণ করেন তিনি। অনুষ্ঠানে নৌ সদরের প্রিন্সিপাল ষ্টাফ অফিসারগণ, সকল আঞ্চলিক কমান্ডারগণ, ডকইয়ার্ড-শিপইয়ার্ডের ব্যবস্থাপনা পরিচালকবৃন্দ এবং উর্ধ্বতন নৌ কর্মকর্তাগণ উপস্থিত ছিলেন।

নব নিযুক্ত নৌবাহিনী প্রধান ভাইস এডমিরাল এম শাহীন ইকবাল ০১ জুন ১৯৮০ তারিখে বাংলাদেশ নৌবাহিনীতে যোগদান করেন এবং ০১ ডিসেম্বর ১৯৮২ তারিখে এক্সিকিউটিভ শাখায় কমিশন লাভ করেন। চাকুরী জীবনে তিনি আন্তর্জাতিক মেরিটাইম পরিমন্ডলে একাধিকবার বাংলাদেশের প্রতিনিধিত্ব করেন। ভাইস এডমিরাল এম শাহীন ইকবাল তার অসামান্য একাডেমিক সাফল্য ও পেশাদারিত্বের জন্য নৌবাহিনীর সর্বোচ্চ পদক-এনবিপি এবং নৌ উৎকর্ষ পদক তে ভূষিত হন।

তিনি নৌবাহিনী ফ্রিগেটসহ সকল শ্রেণীর জাহাজ ও গুরুত্বপূর্ণ ঘাঁটি কমান্ড করেছেন। তাছাড়া, তিনি নৌ সদরে সহকারী নৌপ্রধান (অপারেশান্স), সহকারী নৌপ্রধান (পার্সোনেল), পরিচালক নৌ অপারেশান্স, পরিচালক নৌ গোয়েন্দা, চট্টগ্রাম নৌ অঞ্চলের আঞ্চলিক কমান্ডার, খুলনা নৌ অঞ্চলের আঞ্চলিক কমান্ডার, জাতীয় নিরাপত্তা গোয়েন্দা সংস্থার পরিচালকসহ বিভিন্ন গুরুত্বপূর্ণ দায়িত্ব অত্যন্ত দক্ষতা ও সফলতার সাথে পালন করেন। চাকুরী জীবনে এডমিরাল শাহীন ইকবাল দেশে ও বিদেশে বিভিন্ন প্রশিক্ষণ ও সামরিক কৌশলগত শিক্ষা অর্জন করেছেন।